대한제국 때 갑오경장(1894년 7월~1896년 2월)을 시행하면서 기존의 과거제도를 폐지함으로써 한의사들의 선발통로로 기능했던 의과시험도 폐지되었다.

즉, 현재와 비교하자면 한의사 고시를 폐지함으로써 조선 시대 500년 동안 지속한 한의의 충원 형식 자체가 없어진 것이다.

대안으로 의학교 관제(1899년 3월)를 설립하면서 내외의 각종 의술을 가르친다고 규정하였고, 의학교 규칙(1899년 7월)을 정함으로써 의학생의 선발에서 졸업과 면허 획득까지 전 과정을 규정하였다.

의학교의 교과목인 동물, 식물, 화학, 물리, 해부, 생리, 약물, 진단, 내과, 외과, 안과, 부영, 위생, 법의, 종두, 체조과 등을 보면 서양 의학을 근본으로 전통 의술을 취사선택을 했다는 것을 알 수 있고, 이것은 일본에서 검증된 합리적이고 이상적인 의료일원화를 시행했다는 점에서 중요한 의미가 있다.

의학교의 초대부터 폐지될 때까지 교장은 문과 관료출신의 지석영으로 주권강탈 후 의생이 배출되면서 의생면허에 이름을 올리면서 한의라고 주장하고 있지만, 지석영은 근대의학의 도입에 선구적인 역할을 한 의학교육자이지만 의사와 한의는 아니었다.

한의사협회에서 한의학을 중심으로 서양의학을 받아들여 통합의학을 가르쳐서 통합의사를 양성하는데 주력했다고 억지 주장하고 있는 관립인 의학교가 서양의학만 가르치자 한의들은 한의 전문교육기관인 관립 대한의학교(1904년)를 청원하였지만 대한제국에서 받아들이지 않았다.

그래서 한의들은 사립 동제의학교를 설립(1906년)하게 된다. 그 후 의학교를 폐지하고 대한의원 교육부로 통합하여 대한의원(1907년 4월 25일)을 설립하였고 의사, 약제사, 산파 및 간호부 양성과 교과서 편찬을 하였다.

이후 대한의원 의육부로 개칭(1908년)과 대한의원 부속의학교로 개편 (1909년)하는 과정을 겪게 된다.

치욕적인 주권강탈 후 조선총독부령(1913년 11월 15일 반포, 1914년 1월 1일 시행)으로 의사규칙, 치과의사규칙과 의생 규칙을 만들게 되는데 여기서 의생이라 함은 서양의학의 교육과정을 거친 한의를 말하는 것으로, 실제적으로 한의들은 배제 되었다.

이로서 서양의학 중심의 의료체계가 수립될 수 있는 법적 기반을 확립하게 된다.

이를 두고 한의사협회는 일제에 의해서 한의가 몰락이 되었다고 주장하는데, 실제로는 일제는 자국에서는 폐지한 한방(칸포)을 조선인에게 일본인의 의료 수준을 보장하기 위해 투자할 수 없다는 이유로 부족한 의사의 역할을 한의가 할 수 있도록 눈감아 주었다는 점에서 억지라고 볼 수 있다.

광복 후 의생들은 과학적인 한의 양성 목적으로 을종대학인 동양대학관(1948년 3월 설립인가, 4월 1일 개강)을 설립해서 해부학, 조직학, 병리해부학과 세균학 등 서양의학과목도 교육하게 된다.

연이어 서울한의학전문학관(1949년 4월)과 부산동양의학전문학관(1950년 6월)을 설립하고 정부에 한의학 대책을 요구하였다.

대한민국 정부가 출범한 후 사회부 보건국 산하 한방과를 설치하였고, 이후에 보건부로 독립하면서 한방계로 격하(1949년)하였다.

이에 의생은 한의사로 개칭하고 의사와 동등한 지위를 가질 수 있도록 의료법 제정을 요청하였다.

제헌국회 때 보건부가 한의사를 배제한 ‘의사 및 치과의사법’을 국회에 제출하였으나 국회의원 조헌영의 반대와 여론으로 본회의 상정이 불발되어 국회 안인 ‘의사와 의업 법’을 입안하였다.

여기에는 의사와 한의사에 관한 규정이 함께 포함되어 있었는데 한의사는 의사가 아니었고, 별도 규정을 통해 의생과 한지의생을 둔다고 했다.

이에 한의들은 반발했고, 유사의료업자의 비과학적 의료행위를 합법화하는 것이라는 이유로 대한의학협회도 반대했다.

결국, 법안은 제2대 국회로 이관(1950년 5월 만료)되었다. 국민의료법(1951년 7월)에서도 의사와 치과의사만을 의사로 간주하고 한의사를 별도의 의료자로 구분하여 제2종 의료업자로 분류하였다.

이때 의료시설이 부족한 현실과 강제진료제를 마련하기 위해서 의생에서 한의사로 명칭을 변경했다.

의사법(1952년)에서 별도의 한의사 제도가 확립되었는데, 이는 이원적인 의료제도의 존재를 의미하는 것으로 제도적인 차원에서 갈등이 시작된 것이다.

제도적으로 이원화된 의료제도는 의료이용자의 불편과 혼란 그리고 불필요한 재정 낭비가 발생할 수밖에 없어서 의료일원화의 필요성은 꾸준히 제기되어 왔고, 그동안 의사는 일반적으로 찬성하였으나 한의사는 한의학이 서양의학에 흡수되는 것이라는 생각으로 부정적인 입장이었다.

정부는 의약분업과 같은 구체적인 정책 실현 의지를 갖고 나서지 않고 의사와 한의사 양측의 입장이 다르고 강경해 제도적인 차원의 일원화는 당분간 어려움이 따를 것으로 생각한다.