상대방의 동의없이 대화내용을 녹음하는 경우 문제가 될 수 있는 것은
1)법적으로 형사처벌을 받지 않는지와
2) 녹음된 내용이 증거자료의 능력이 있는가 입니다.

1. 먼저 형사처벌 여부를 알아보면,  통신비밀보호법 제3조 및 제14조 제1항에서는 "누구든지 공개되지 아니한 타인간의 대화를 녹음하거나 전자장치 또는 기계적 수단을 이용하여 청취할 수 없다.'고 정하고 있습니다. 여기서 주목할 내용은 법이 금지하는 내용은 '공개되지 아니한 타인간의 대화'를 녹음하거나 청취하지 말라는 내용이라는 점입니다. 즉 '공개된 타인간의 대화'나 또는 '공개된 당사자간의 대화' 또는 '공개되지 아니한 당사자간의 대화'는 금지대상이 아닙니다. 따라서 귀하와 상대방의 내용을 제3의 타인이 녹음, 청취한다면 처벌대상이지만, 귀하가 당사자가 되어 상대방의 대화내용을 몰래 녹음하였다면 처벌되지 않으므로 처벌되지 않을까 하는 특별한 걱정은 필요 없습니다.
즉, 자신이 상대방과의 이해관계에 있어 그 사실을 확인하기 위해 몰래 녹음한다는 것은 형법상 일종의 자력구제행위 노력, 정당방위 행위로 볼 수 있기 때문입니다.

2. 두번째로 상대방의 동의없는 대화내용의 녹음이 당사자간의 쟁송사건에 있어 증거능력이 있는가 하는 것인데....
통신비밀보호법 제4조에서는 불법검열이나 불법감청(도청)인 경우에는 재판등에 있어 증거력을 인정하지 않도록 정하고 있으나, 앞서 말씀드렸듯이 상대방의 동의없이 당사자가 몰래 녹음하는 행위는 불법행위가 아니므로 증거력이 있다고 보는 것이 일반적인 견해입니다. (엄격히 말하면 증거력을 인정할지 말지는 법원의 경우 재판부, 부당해고구제사건의 경우 노동위원회의 판단에 따릅니다. 신빙성이 있는 경우라면 재판부나 노동위원회가 증거력을 인정할 것이고, 신빙성이 없는 녹취내용이라면 재판부나 노동위원회가 증거력을 인정하지 않을 수 있습니다.)
실무적으로 해고사건을 다투는 노동위원회에서는 몰래 녹음된 대화내용을 녹취하여 증거자료로 제출하는 경우 증거력확보가 어려운 노동자에게 유리한 자료로 인정되는 경우가 대부분입니다.
* 참고할 법원판례 (대법원 1998.12.23, 97다38435)
"자유심증주의를 채택하고 있는 우리 민사소송법 하에서 상대방 부지중 비밀리에 상대방의 대화를 녹음하였다는 이유만으로 그 녹음테이프가 증거능력이 없다고 단정할 수 없고, 그 채증여부는 사실심법원의 재량에 속한다" 
* 언론보도내용
"대화 당사자 녹음은 도청 아니다" (연합뉴스 /2006-10-30)
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대법원 "제3자가 녹음해야 도청" 
대화를 나누던 3명 중 1명이 다른 2명 모르게 대화내용을 녹음했더라도 도청행위로 처벌할 수 없다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 1부(주심 양승태 대법관)는 통신비밀보호법 위반 혐의로 기소된 선모(45)씨에 대한 상고심에서 도청 혐의를 무죄로 판단한 원심을 확정했다고 30일 밝혔다. 
재판부는 판결문에서 "공개되지 않은 타인 간의 대화를 녹음ㆍ청취하지 못한다는 통신비밀보호법 규정은 대화에 원래부터 참여하지 않은 3자가 타인들 간의 발언을 녹음해서는 안된다는 취지로 봐야 한다"고 밝혔다. 
재판부는 "3인의 대화에서 한 사람이 대화를 녹음하는 경우 다른 두 사람의 발언은 녹음자 입장에서 `타인간의 대화'라고 할 수 없으므로 통신비밀보호법에 위배된다고 할 수 없다"고 덧붙였다. 
선씨는 작년 7월 자신이 투자한 성인오락실 경영이 부진하자 동업자 2명과 나눈 대화를 소형녹음기로 녹음한 뒤 게임기 50대를 몰래 처분한 혐의로 기소됐으나 절도 혐의만 유죄가 인정돼 1, 2심에서 징역 8개월에 집행유예 2년을 선고받았다.